Рассматривается проблема идентификации иностранных товаров в продуктах их переработки при применении таможенной процедуры переработки на таможенной территории. Анализируются существующие способы идентификации, закрепленные в Таможенном кодексе Евразийского экономического союза, и выявляются их ограничения применительно к товарам, не имеющим индивидуальных идентификационных признаков, а также к товарам, перемещаемым насыпом, наливом, навалом и используемым в непрерывных производственных процессах. Исследование проводится на основе анализа законодательства ЕАЭС и нормативных актов Российской Федерации, статистических данных Федеральной таможенной службы России и судебной практики. Доказывается, что фундаментальное противоречие между партионным учетом и реальным производством создает основной административный барьер для широкого применения процедуры. В качестве решения предлагается новый способ идентификации на основе непрерывного цифрового учета расхода иностранных товаров с использованием данных автоматизированных систем контроля производства. Разработан и представлен проект изменений в статью 124 Федерального закона № 289-ФЗ для законодательного закрепления данного механизма. Подчеркивается практическая значимость предлагаемых мер для расширения использования таможенной процедуры переработки на таможенной территории.