Статья посвящена исследованию специфики бухгалтерского учета финансовых результатов в бюджетном учреждении, совмещающем образовательно-научные функции с коммерческой деятельностью. На примере учебно-научно-производственного комплекса аграрного вуза анализируются методологические аспекты признания доходов и формирования себестоимости продукции в рамках требований Единого плана счетов бюджетного учета. Автором раскрывается двойственный правовой статус подобных комплексов, что обуславливает синтез принципов бюджетного и коммерческого учета с учетом отраслевой специфики сельского хозяйства. В работе детально рассмотрены классификации доходов и расходов, этапы калькулирования себестоимости, а также типовые бухгалтерские записи. Результаты исследования могут быть использованы для совершенствования учетной политики бюджетных организаций, ведущих предпринимательскую деятельность в аграрном секторе.