В условиях усиления межрегиональной конкуренции и перехода к инновационной экономике особую значимость приобретает формирование устойчивой институциональной экосистемы региона. Ключевым фактором этого процесса выступает человеческий капитал, который не только обеспечивает функционирование институтов, но и инициирует их развитие. В статье исследуется роль и место человеческого капитала как системообразующего фактора формировании институциональной экосистемы региона. В работе раскрыта сущность влияния факторов и подходов к управлению персоналом и человеческими ресурсами; выделены основные положения, на которых основан системный подхода к управлению человеческим капиталом. Также в работе предложена институциональная модель регулирования региональной экосистемы, включающая три взаимосвязанных блока: блок формирования человеческого капитала (образование, профессиональная подготовка, миграционная политика); блок использования человеческого капитала (рынок труда, бизнес, инновации); блок развития человеческого капитала (образование, повышение квалификации, социальная сфера). Научная новизна исследования заключается в разработке и обосновании институциональной модели регулирования региональной экосистемы, которая системно учитывает процессы формирования, использования и развития человеческого капитала как взаимосвязанные блоки единого механизма. Практическая значимость работы заключается в возможности использования модели органами регионального управления при формировании стратегий социально-экономического развития региона. Результаты исследования существенно развивают теоретические представления о роли человеческого капитала в институциональном развитии регионов и предлагают практический инструментарий для повышения устойчивости и адаптивности региональных экосистем.