Статья посвящена актуальной проблеме управления портфелем научно-исследовательских и опытно-конструкторских работ (НИОКР) в высокотехнологичной государственной корпорации. Государственные корпорации занимают особое место в инновационных системах: они одновременно выполняют государственные стратегические задачи и ведут коммерческую деятельность, что существенно усложняет задачу формирования сбалансированного портфеля проектов. Цель исследования — выявить механизмы, обеспечивающие баланс между долгосрочными исследованиями и прикладными разработками, а также разработать инструмент оценки структуры портфеля НИОКР. На основе метода кейс-стади проведён анализ Государственной корпорации по атомной энергии «Росатом»: систематизированы механизмы формирования и отбора проектов, выполнена классификация 20 НИОКР-проектов по уровням технологической зрелости. Разработана авторская матрица балансировки портфеля, позволяющая соотнести стадию проекта с источником его финансирования. Установлено, что равновесие между типами НИОКР в Росатоме достигается не за счёт рыночного отбора, а посредством планово-регуляторных механизмов. Выявлен «провал» в переходе от исследовательских к опытно-конструкторским работам. Результаты исследования могут быть использованы руководителями НИОКР-подразделений, специалистами в сфере стратегического управления инновациями, а также при разработке государственной научно-технической политики.